尖锐湿疣根据皮肤黏膜损害的特点、发生的部位、发展的情况，结合可能询问到的性接触史，一般诊断不难。但在临床上病情错综复杂，特别需要与以下几种病症相鉴别。

　　1、扁平湿疣 是二期梅毒的一种临床表现，皮肤损害为表面扁平，潮湿的丘疹，境界清楚，感染后糜烂，有渗出物，其中含有大量的梅毒螺旋体。分泌物如果作梅毒螺旋体暗视野检查可见螺旋体。患者血液的梅毒血清反应均为阳性。

　　2、皮脂腺异位症 丘疹在黏膜内，不高出皮肤，无重叠生长，多为淡黄色。

　　3、皮脂腺增生 为淡黄色丘疹，没有蒂，没有棘刺，没有重叠和融合。

　　4、传染性软疣 为单个不融合的半球形丘疹，周围光滑，与正常皮肤颜色相同，中央有像肚脐一样的凹陷，可以挤出内容物（疣状小体）。

　　5、癌性丘疹病 本病为原位鳞癌，可以由尖锐湿疣发展而来。皮疹常由多个色素性丘疹组成，也可以单个出现。散在分布或有群集倾向，排列成线状或环状，严重的可融合成斑块。本病发展缓慢，常需数月或数年。本病女性较多见，分布部位主要在大小阴唇及肛门周围。

　　6、假性湿疣 又称女阴尖锐湿疣样丘疹或绒毛状小阴唇，一般发生于已婚的青壮年妇女。这种病症较易与尖锐湿疣混淆。本病可能与阴部念珠菌感染及慢性刺激有关。患者多无自我感觉，少数可有轻度痒感。本病与不洁性交史无关，不传染给男方，亦不会癌变，无需特殊治疗。临床表现为分布在小阴唇内侧及阴道前庭对称分布的皮疹，米粒大小，密集如毛刷状，偶有丝状、乳头状及息肉状，颜色呈浅褐色或黏膜色，表面光滑无角化，极少有蒂，不扩散蔓延可长期无变化。

　　7、阴茎珍珠状丘疹病 本病为某些男性青壮年生理发育上的变异。患者多无自觉症状，常无意中发现，也可在体检时发现，与不洁性交无关、不会传染，一般不需治疗。有经验的医生，在临床上就能将这两种病区别开来。阴茎珍珠状丘疹病年龄20~40岁为多。有人调查，约有10%的正常男性阴茎不同程度地有这种病。检查时，可见冠状沟与龟头交界的隆起部位有一行到数行的珍珠状，白色、黄色或暗红色的半透明丘疹，丘疹不融合，质地硬，无压痛，不破溃，表面虽然高出，但上端仍为正常皮面，长期无明显变化。和尖锐湿疣相比，其皮疹的分布部位、形态、色泽及发展变化速度都有明显区别。